距今5000多年前的新石器时代，南阳黄山，气候远较现在湿润，植被以落叶阔叶林为主，青冈、胡桃、枫杨等高大优美的乔木间，丛生着茂盛的蔷薇。

生活于此的先民们，在自然环境优美、土地肥沃的田野里，用独山玉器、石器、骨器、陶器等从事农业、畜牧业和其他生产活动，过着较稳定的聚落生活，他们创造了新石器时代文明和独山玉文化，给后世留下了弥足珍贵的历史文化遗产。

5000余年后，黄山只是一处普通小山丘，仅高出周围地表约25米，它东临白河，南距独山约3公里。1959年，黄山第一次考古发掘，发现整个山顶与周边坡地皆是遗址分布区。2013年5月，它升级为第七批“国保”。此时的黄山遗址仍是一处普通遗址，名气不出文物圈。

2018年，黄山遗址迎来第二次考古发掘。此次的惊世发现，让黄山“红”出了文物圈。