郑成功画像，现藏于国立台湾博物馆

但接下来发生的一切却彻底改变了郑成功的命运。时间进入了明清鼎革的血色年代，“精明”的郑芝龙选择再次投机，投降清军，但从小深受儒教熏陶的郑成功却坚决反对父亲的做法，为此不惜和父亲决裂。

可是郑芝龙这次却失算了，接受招安后他立即被清庭监禁，郑成功的母亲也被清军残忍的杀害。为报家国之仇，郑成功愤然脱去青衣长衫，竖起抗清大旗。

兵少将寡的郑成功就这样展开了长达十七年的沿海抗清事业。郑成功以金门和厦门两岛作为根据地，日夜操练水军。现在的下墅港，曾是郑成功造船的地方，而像水头，料罗，刘澳等地都是当年郑成功训练水师的基地。