日据时期平壤箕子墓照片，金氏朝鲜建立后，根据金日成的最高指示“把朝鲜民族看成箕子的后裔是对具有五千年悠久历史的我们民族的侮辱”将其挖掘毁弃。

李氏朝鲜王朝在确立之初曾因“得国不正”而急需证明自己的合法性，因此希望通过箕子朝鲜受周武王册封的传统来争取明朝天子的册封，从而确立政权的正统性。同时，这也奠定了五百余年朝鲜君臣强烈的箕子信仰基调，朝鲜世宗曾称：“吾东方文物礼乐侔拟中国，迨今二千余祀，惟箕子之教是赖。”英祖也认为“东方能免左衽之俗者，赖箕子之教”。这一时期的半岛还出现大量关于箕子朝鲜历史的著作，如《箕子志》、《箕子实纪》、《箕田考》、《箕子外记》等等。

更有甚者，朝鲜儒林对于始见于《三国遗事》（约成书于13世纪80年代）记载的檀君奉为朝鲜始祖的观点提出了颇多质疑之声。他们或反对将箕子与檀君、高句丽、新罗、百济等“始祖人物”共同祭祀，认为箕子的地位应高于其他始祖，要求“都城及各道首官，皆建箕子庙，春秋享祀”；或者直接对檀君的所谓“御国一千五百年”和“入山为神”等说法提出质疑，认为此说“妖诬鄙滥，初不足以诳闾巷之儿童，作史者其可全信此言”。